Se você deseja copiar apenas a estrutura de pasta (árvore de diretórios) de uma unidade para outra, basta usar o compando XCOPY.
Para ver todas as opções do comando XCOPY digite no DOS: C:\>XCOPY /?, esse comando irá mostrar todos os recursos do comando XCOPY, isso também vale para qualquer outro comando como o COPY por exemplo.
Ok, agora vamos ao que interessa. Para copiar toda a estrutura de pasta (somente as pastas, sem os arquivos) de uma unidade para outra você precisa utilizar o seguinte comando:
XCOPY /t /e /i “ORIGEM” “DESTINO”
Substitua ORIGEM pela pasta de origem e DESTINO pela pasta de destino.